Синьцзянский аграрный университет, ориентируясь на цели строительства кластера высококачественной животноводческой продукции Синьцзян-Уйгурского автономного района, определил основные научные направления: генетическая селекция и разведение сельскохозяйственных животных, здоровое содержание скота, профилактика заболеваний и разработка новых ветеринарных препаратов. Опираясь на национальные и региональные научные платформы, включая «Государственный экспериментально-демонстрационный центр животноводства и профилактики заболеваний», «Северо-западную научно-наблюдательную станцию питания травоядных и кормовых ресурсов», «Лабораторию питания мясо-молочных травоядных Синьцзяна», «Ключевую лабораторию разведения лошадей и спортивной физиологии Синьцзяна», «Инженерно-технический центр современного молочного животноводства Синьцзяна», «Ключевую лабораторию исследований и разработки новых ветеринарных препаратов для травоядных автономного района» и «Лабораторию профилактики заболеваний и безопасности животноводческой продукции», университет проводит исследования по селекции генетических ресурсов, эффективным технологиям содержания, профилактике заболеваний и разработке препаратов с учётом уникальных особенностей региона. За 70 лет достигнуты значительные результаты: выведены породы (синьцзянская тонкорунная овца, иуская лошадь, синцзянская бурая порода КРС, илийская лошадь, субо-мериносная овца), расшифрованы молекулярные механизмы хозяйственно-важных признаков, разработаны диагностические наборы, фитодобавки, терапевтические средства и вакцины, созданы системы племенной работы и модели эффективного содержания, что способствовало модернизации животноводства Синьцзяна.
В период 14-й пятилетки (2021-2025 гг.) университет реализовал 410 научных проектов с общим финансированием 151 млн юаней, включая 5 национальных ключевых программ, 2 ключевых проекта и 6 ключевых программ автономного района. Получено 142 объекта интеллектуальной собственности (патенты, авторские свидетельства, стандарты), опубликовано 667 научных статей и 8 монографий, присуждено 6 премий провинциального уровня и выше, внедрено 8 технологий. В перспективе университет продолжит работу по селекции специализированных пород, изучению механизмов формирования хозяйственных признаков, внедрению интеллектуальных систем содержания, комплексной профилактике заболеваний и разработке препаратов, внося вклад в развитие современного животноводства Синьцзяна.